高斯基组
为了求解Hartree-Fock、Kohn-Sham DFT方程,需要把分子轨道展开为单电子基函数的线性组合:
在量子化学的计算中,基函数只有数学意义,没有物理意义。基函数越多则结果越精确,但是也取决于怎么合理地设置基函数。当基函数无穷多,称为完备集,就达到了完备基组极限(Complete Basis Set Limit, CBS),能够完美展开分子轨道。实际用的是有限基组,达不到CBS,由此导致的计算结果的误差称为基组不完备性误差。
用多少基函数,就会产生多少分子轨道,但是只有占据轨道,以及低阶的非占据轨道(价层空轨道)通常有化学意义。如果基函数取的就是原子轨道,称为原子轨道线性组合(linear combination of atomic orbitals,LCAO),但是这只是结构化学上的概念,实际计算中使用的基函数并不是真实的原子轨道。
量子化学中常用的基函数如下:
高斯轨道(Gauss type orbital, GTO)基函数:因其在数学形式上易于计算双电子积分,绝大多数量子化学程序使用的都是GTO基函数。
Slater轨道(Slater type orbital, STO)基函数:半经验以及少数量子化学程序(如ADF)所用的基函数。难以计算双电子积分,但相对于GTO基函数,它的径向行为更接近于实际原子轨道,因此只需要较少数目的STO就可以达到较多数目GTO的计算结果。
平面波(Plane wave):专门适用于周期性计算的基函数,计算孤立体系时比GTO基函数性价比低得多。
数值原子轨道(Numerical atomic orbital, NAO)基函数:极少程序支持,典型的是Dmol3、Siesta。NAO基函数并没有解析的数学形式,而是通过离散分布的点描述。
BDF软件早期采用STO基函数,目前主要采用GTO基函数。
对于轨道角动量 L 高于 p 的GTO基函数(如 d 、f 等GTO基函数),有两种表示方式。 一种写为笛卡尔函数(也称直角函数)形式:
它有 \((L+1)(L+2)/2\) 个分量,例如 d 函数包含xx,yy,zz,xy,xz,yz。另一种写为球函数(也称球谐函数、纯函数)形式:
它有 \(2L+1\) 个分量,例如 d 函数包含-2,-1,0,+1,+2。
笛卡尔函数的优点是容易计算积分,但是存在冗余函数;而球函数恰好与 \(2L+1\) 个磁量子数相对应, 因此在量子化学程序中通常先在笛卡尔函数下计算积分,然后通过一定的线性关系 [53] ,组合成球函数的积分。
注意
除Pople型等较早的基组外,大多数现代高斯基组都是在球基函数下优化的。
笛卡尔基函数无论在精度上还是在效率上均无优势,尤其是对于全电子相对论计算还会导致数值不稳定,因此在BDF计算中一律采用球基函数。
笛卡尔基函数和球基函数会导致不同的结果。如果用其它量子化学程序重复BDF的计算结果,除保证结构、方法、基组相同外,还需检查是否用了球基函数。
在很多文献中,人们把各种原子在不同情形下优化好的GTO基函数做成数据集(data set),并赋以不同的名称供量子化学程序调用。 这些命名的GTO基函数数据集称为 高斯基组 (Gaussian Basis Sets)。 关于高斯基组的一般性介绍,参见: J. G. Hill, Gaussian Basis Sets for Molecular Applications, Int. J. Quant. Chem. 113, 21-34 (2013). https://doi.org/10.1002/qua.24355 (Free Access)
BDF内置的高斯基组主要来自以下基组库网站,各种基组的原始文献可以在相应的网站中找到。
Basis Set Exchange [54] :全电子基组,标量ECP基组,可以输出BDF格式(注意:ECP基组要手动调整ECP数据的位置)。 https://www.basissetexchange.org/
Stuttgart/Cologne赝势基组库:主要是SOECP基组和“f-in-core”基组,以及少量早期的标量ECP基组。 http://www.tc.uni-koeln.de/PP/clickpse.en.html
Turbomole基组库:全电子基组,标量ECP基组,SOECP基组。 https://basissets.turbomole.org/
Dyall相对论基组:全电子相对论基组。 https://zenodo.org/records/7574629
Sapporo基组库:全电子基组。 http://sapporo.center.ims.ac.jp/sapporo/
Clarkson大学ECP基组库:SOECP基组。 https://people.clarkson.edu/~pchristi/reps.html (已失效)
ccECP基组库:标量ECP基组;Kr之后是SOECP基组。 https://pseudopotentiallibrary.org/
ccRepo基组库:收录了最新开发的关联一致基组,包括全电子非相对论,全电子相对论,SOECP基组(不显示ECP参数),和密度拟合等多种类型。 http://www.grant-hill.group.shef.ac.uk/ccrepo/
此外,有个别元素的内置基组来自原始文献:
全电子基组Dirac-RPF-4Z和Dirac-aug-RPF-4Z,包括s-、p-区元素 [55],d-区元素 [56],f-区元素 [57]
Ga—Kr的全电子DKH2收缩基组(aug-)cc-p(w)CVnZ-DK未被Basis Set Exchange收录,取自原始文献 [58]
赝势基组Pitzer-AVDZ-PP、Pitzer-VDZ-PP、Pitzer-VTZ-PP [59]
赝势基组CRENBL中的 Ce - Lu [60] ,Fr - Pu [61] ,Am - Og [62, 63] (注意:Basis Set Exchange上的Am - Og基组是错的!)
赝势基组CRENBS中的 Am - Og [62, 63] (注意:Basis Set Exchange上的Am - Og基组是错的!)
BDF用户既可以使用BDF基组库中的标准基组,也可以使用自定义基组。
全电子基组
全电子基组分为非收缩基组与收缩基组两类。前者既可用于非相对论计算也可用于相对论计算,但主要是相对论计算,而后者又分为非相对论收缩基组和相对论收缩基组。
全电子相对论计算要用到DKH、ZORA、X2C等考虑相对论效应的哈密顿(见 相对论效应 ), 此时必须要用专门为相对论计算优化的收缩基组,比如cc-pVnZ-DK系列、SARC、ANO-RCC等等。 在BDF中,目前仅保留标量X2C相对论哈密顿,可以结合使用X2C相对论基组、DKH3相对论基组,或DKH2相对论基组(5d之前的原子), 对于3d之前的原子也可以用全电子的非相对论基组。
大多数相对论收缩基组把原子核作为点电荷处理,但是有些基组在做收缩时考虑了原子核分布尺寸效应,这对 s 、 p 基函数的收缩因子影响最为明显。 相应地,在分子积分的计算中也必须采用 有限核模型 。
标准基组大都是针对价电子、半芯电子的性质计算而优化的,不适合准确描述原子核附近的电子分布。 对于涉及原子核性质的计算,需要用专门优化的基组(见 穆斯堡尔谱 )。例如, 对于 Fe 的穆斯堡尔谱计算,我们修改了标准的 x2c-TZVPPall 基组,有专门用于计算有效接触密度的 x2c-TZVPPall-CD, 计算电场梯度、核四极分裂的 x2c-TZVPPall-EFG,以及同时计算二者的 x2c-TZVPPall-CDEFG。
基组类型 |
基组名称 |
支持的元素 |
备注 |
|---|---|---|---|
Pople |
STO-3G
STO-6G
|
1- 54 |
|
3-21G
|
1- 55 |
||
3-21++G
|
1, 3- 20 |
||
6-31G
6-31G(d,p)
6-31GP
6-31GPP
|
1- 36 |
||
6-31++G
6-31++GP
6-31++GPP
6-31+G
6-31+GP
6-31+GPP
|
1- 20 |
||
6-31G(2df,p)
6-31G(3df,3pd)
|
1- 18 |
||
6-311++G
6-311++G(2d,2p)
6-311++GP
6-311++GPP
|
1, 3- 20 |
||
6-311+G
6-311+G(2d,p)
6-311+GP
6-311+GPP
|
1- 20 |
||
6-311G
6-311G(d,p)
6-311GP
6-311GPP
|
1- 20, 31- 36, 53 |
||
6-31++GPP-J
6-31+GP-J
6-31G-J
6-311++GPP-J
6-311+GP-J
6-311G-J
|
1, 6- 8 |
||
6-311G(2df,2pd)
|
1- 10, 19- 20 |
||
6-311++G(3df,3pd)
|
1, 3- 18 |
||
关联一致 |
aug-cc-pVDZ
aug-cc-pVTZ
aug-cc-pVQZ
aug-cc-pV5Z
aug-cc-pV6Z
aug-cc-pV7Z
|
D: 1- 18, 19- 36
T: 1- 18, 19- 36
Q: 1- 18, 19- 36
5: 1- 18, 21- 36
6: 1- 2, 5- 10, 13- 18
7: 1- 2, 5- 10, 13- 17
|
|
cc-pVDZ
cc-pVTZ
cc-pVQZ
cc-pV5Z
cc-pV6Z
cc-pV7Z
|
D: 1- 18, 19- 36
T: 1- 18, 19- 36
Q: 1- 18, 19- 36
5: 1- 18, 20- 36
6: 1- 2, 4- 10, 13- 18
7: 1- 2, 5- 10, 13- 18
|
||
aug-cc-pCVDZ
aug-cc-pCVTZ
aug-cc-pCVQZ
aug-cc-pCV5Z
aug-cc-pCV6Z
|
D: 1- 18, 31-36
T: 1- 18, 31-36
Q: 1- 18, 31-36
5: 3- 18, 31-36
6: 5- 10, 13-18
|
||
cc-pCVDZ
cc-pCVTZ
cc-pCVQZ
cc-pCV5Z
cc-pCV6Z
|
D: 1- 18, 20, 31-36
T: 1- 18, 20, 31-36
Q: 1- 18, 20, 31-36
5: 3- 18, 31-36
6: 5- 10, 13-18
|
||
aug-cc-pV(D+d)Z
aug-cc-pV(T+d)Z
aug-cc-pV(Q+d)Z
aug-cc-pV(5+d)Z
|
1- 18, 21- 36 |
||
cc-pV(D+d)Z
cc-pV(T+d)Z
cc-pV(Q+d)Z
cc-pV(5+d)Z
|
1- 18, 20- 36 |
||
aug-cc-pwCVDZ
aug-cc-pwCVTZ
aug-cc-pwCVQZ
aug-cc-pwCV5Z
|
D: 3- 20, 31- 36
T: 3- 36
Q: 3- 36
5: 3- 18, 21- 36
|
||
cc-pwCVDZ
cc-pwCVTZ
cc-pwCVQZ
cc-pwCV5Z
|
D: 3- 20, 31- 36
T: 3- 36
Q: 3- 36
5: 3- 18, 21- 36
|
||
aug-cc-pVDZ-RIFIT
aug-cc-pVTZ-RIFIT
aug-cc-pVQZ-RIFIT
|
1- 2, 4- 10, 12- 18, 21- 36 |
辅助基组 |
|
aug-cc-pV5Z-RIFIT
aug-cc-pV6Z-RIFIT
|
5: 1- 10, 13- 18, 21- 36
6: 1- 2, 5- 10, 13- 18
|
辅助基组 |
|
aug-cc-pVTZ-J
|
1, 5- 9, 13- 17, 21- 30, 34 |
辅助基组 |
|
aug-cc-pVDZ-DK
aug-cc-pVTZ-DK
aug-cc-pVQZ-DK
aug-cc-pV5Z-DK
|
D: 1- 38
T: 1- 54, 72- 86
Q: 1- 38, 49- 54
5: 1- 2, 5- 18, 21- 36
|
DKH2 相对论 |
|
aug-cc-pCVDZ-DK
aug-cc-pCVTZ-DK
aug-cc-pCVQZ-DK
aug-cc-pCV5Z-DK
|
3- 18, 31- 36 |
DKH2 相对论 |
|
aug-cc-pwCVDZ-DK
aug-cc-pwCVTZ-DK
aug-cc-pwCVQZ-DK
aug-cc-pwCV5Z-DK
|
D: 3- 20, 31- 38
T: 3- 54, 72- 86
Q: 3- 38, 49- 54, 81- 86
5: 3- 18, 21- 36
|
DKH2 相对论 |
|
aug-cc-pVDZ-DK3
aug-cc-pVTZ-DK3
aug-cc-pVQZ-DK3
aug-cc-pwCVDZ-DK3
aug-cc-pwCVTZ-DK3
aug-cc-pwCVQZ-DK3
|
D: 55- 56, 78, 79, 87- 88
T: 49- 56, 72- 88
Q: 49- 56, 78, 79, 81- 88
|
DKH3 相对论 |
|
aug-cc-pCVDZ-X2C
aug-cc-pCVTZ-X2C
aug-cc-pCVQZ-X2C
aug-cc-pCV5Z-X2C
aug-cc-pCV6Z-X2C
|
5- 10, 13- 18 |
X2C 相对论 |
|
aug-cc-pVDZ-X2C
aug-cc-pVTZ-X2C
aug-cc-pVQZ-X2C
|
1- 2, 5- 10, 13- 20, 31- 38, 55- 56,
87- 88
|
X2C 相对论 |
|
aug-cc-pV5Z-X2C
|
1- 2, 5- 10, 13- 18, 31- 36 |
X2C 相对论 |
|
aug-cc-pV6Z-X2C
|
1- 2, 5- 10, 13- 18 |
||
aug-cc-pwCVDZ-X2C
aug-cc-pwCVTZ-X2C
aug-cc-pwCVQZ-X2C
|
5- 10, 13- 20, 31- 38, 55- 56, 87- 88 |
X2C 相对论 |
|
aug-cc-pwCV5Z-X2C
|
5- 10, 13- 18, 31- 36 |
X2C 相对论 |
|
cc-pVDZ-DK
cc-pVTZ-DK
cc-pVQZ-DK
cc-pV5Z-DK
|
D: 1- 38
T: 1- 54, 72- 86
Q: 1- 38, 49- 54
5: 1- 18, 21- 36
|
DKH2 相对论 |
|
cc-pCVDZ-DK
cc-pCVTZ-DK
cc-pCVQZ-DK
cc-pCV5Z-DK
|
3- 18, 31-36 |
DKH2 相对论 |
|
cc-pwCVDZ-DK
cc-pwCVTZ-DK
cc-pwCVQZ-DK
cc-pwCV5Z-DK
|
D: 3- 20, 31- 38
T: 3- 54, 72- 86
Q: 3- 38, 49- 54, 81- 86
5: 3- 18, 21- 36
|
DKH2 相对论 |
|
cc-pVDZ-DK3
cc-pVTZ-DK3
cc-pVQZ-DK3
cc-pwCVDZ-DK3
cc-pwCVTZ-DK3
cc-pwCVQZ-DK3
|
D: 55- 71, 78, 79, 87-103
T: 49-103
Q: 49- 71, 78, 79, 81-103
|
DKH3 相对论 |
|
cc-pCVDZ-X2C
cc-pCVTZ-X2C
cc-pCVQZ-X2C
cc-pCV5Z-X2C
cc-pCV6Z-X2C
|
5- 10, 13- 18 |
X2C 相对论 |
|
cc-pVDZ-X2C
cc-pVTZ-X2C
cc-pVQZ-X2C
|
1- 2, 5- 10, 13- 20, 31- 38, 55- 71,
87- 103
|
X2C 相对论 |
|
cc-pV5Z-X2C
|
1- 2, 5- 10, 13- 18, 31- 36 |
X2C 相对论 |
|
cc-pV6Z-X2C
|
1- 2, 5- 10, 13- 18 |
||
cc-pwCVDZ-X2C
cc-pwCVTZ-X2C
cc-pwCVQZ-X2C
|
5- 10, 13- 20, 31- 38, 55- 71,
87- 103
|
X2C 相对论 |
|
cc-pwCV5Z-X2C
|
5- 10, 13- 18, 31- 36 |
X2C 相对论 |
|
cc-pVDZ-FW_fi
cc-pVTZ-FW_fi
cc-pVQZ-FW_fi
cc-pV5Z-FW_fi
|
1-2, 5-10, 13-18, 31-36 |
NESC 相对论,有限核 |
|
cc-pVDZ-FW_pt
cc-pVTZ-FW_pt
cc-pVQZ-FW_pt
cc-pV5Z-FW_pt
|
1-2, 5-10, 13-18, 31-36 |
NESC 相对论 |
|
ANO |
ADZP-ANO
|
1-103 |
|
ANO-DK3
|
1- 10 |
DKH3 相对论 |
|
ANO-R
ANO-R0
ANO-R1
ANO-R2
ANO-R3
|
1- 86
R: full; R0: MB;
R1: VDZP; R2: VTZP;
R3: VQZP
|
X2C 相对论,有限核;
2021年修订版;
2020版加后缀-old
|
|
ANO-RCC
ANO-RCC-VDZ
ANO-RCC-VDZP
ANO-RCC-VTZP
ANO-RCC-VQZP
|
1- 96 |
DKH2 相对论 |
|
ANO-RCC-VTZ
|
3- 20, 31- 38 |
DKH2 相对论 |
|
Ahlrichs |
Def2系列
|
全电子非相对论基组与赝势基组的混合,见 赝势基组 |
|
jorge-DZP
jorge-TZP
jorge-QZP
|
D: 1-103
T: 1-103
Q: 1- 54
|
||
jorge-DZP-DKH
jorge-TZP-DKH
jorge-QZP-DKH
|
D: 1-103
T: 1-103
Q: 1- 54
|
DKH2 相对论,有限核 |
|
SARC-DKH2
|
57- 86, 89-103 |
DKH2 相对论 |
|
SARC2-QZV-DKH2
SARC2-QZVP-DKH2
|
57- 71 |
DKH2 相对论 |
|
x2c-SV(P)all
x2c-SVPall
x2c-TZVPall
x2c-TZVPPall
x2c-QZVPall
x2c-QZVPPall
x2c-SV(P)all-2c
x2c-SVPall-2c
x2c-TZVPall-2c
x2c-TZVPPall-2c
x2c-QZVPall-2c
x2c-QZVPPall-2c
|
1- 86 |
X2C 相对论,有限核 |
|
x2c-TZVPall-f
x2c-TZVPPall-f
|
1- 20 |
X2C 相对论,有限核 |
|
Sapporo |
Sapporo-DZP
Sapporo-TZP
Sapporo-QZP
Sapporo-DZP-2012
Sapporo-TZP-2012
Sapporo-QZP-2012
Sapporo-DZP-dif
Sapporo-TZP-dif
Sapporo-QZP-dif
Sapporo-DZP-2012-dif
Sapporo-TZP-2012-dif
Sapporo-QZP-2012-dif
|
1- 54 |
2012是新版 |
Sapporo-DKH3-DZP
Sapporo-DKH3-TZP
Sapporo-DKH3-QZP
Sapporo-DKH3-DZP-dif
Sapporo-DKH3-TZP-dif
Sapporo-DKH3-QZP-dif
|
1- 54 |
DKH3 相对论 |
|
Sapporo-DKH3-DZP-2012
Sapporo-DKH3-TZP-2012
Sapporo-DKH3-QZP-2012
Sapporo-DKH3-DZP-2012-dif
Sapporo-DKH3-TZP-2012-dif
Sapporo-DKH3-QZP-2012-dif
|
19- 86 |
DKH3 相对论,有限核 |
|
非收缩 |
UGBS
|
1- 90, 94- 95, 98-103 |
相对论、非相对论通用 |
Dirac-RPF-4Z
Dirac-aug-RPF-4Z
|
1-118 |
相对论、非相对论通用 |
|
Dirac-Dyall.2zp
Dirac-Dyall.3zp
Dirac-Dyall.4zp
Dirac-Dyall.ae2z
Dirac-Dyall.ae3z
Dirac-Dyall.ae4z
Dirac-Dyall.cv2z
Dirac-Dyall.cv3z
Dirac-Dyall.cv4z
Dirac-Dyall.v2z
Dirac-Dyall.v3z
Dirac-Dyall.v4z
|
1-118 |
相对论、非相对论通用 |
|
Dirac-Dyall.aae2z
Dirac-Dyall.aae3z
Dirac-Dyall.aae4z
Dirac-Dyall.acv2z
Dirac-Dyall.acv3z
Dirac-Dyall.acv4z
Dirac-Dyall.av2z
Dirac-Dyall.av3z
Dirac-Dyall.av4z
|
1-56, 72-88, 104-118
|
相对论、非相对论通用 |
|
其它 |
SVP-BSEX
|
1, 3-10 |
|
DZP
|
1, 6-8, 16, 26, 42 |
||
DZVP
|
1, 3-9, 11-17, 19-20, 31-35, 49-53 |
||
TZVPP
|
1, 6-7 |
||
IGLO-II
IGLO-III
|
1, 5- 9, 13- 17 |
||
Sadlej-pVTZ
|
1, 6- 8 |
||
Wachters+f
|
21- 29 |
||
赝势基组
有效芯势(Effective Core Potential, ECP)包括赝势(Pseudopotential, PP)和模型芯势(Model Core Potential, MCP)。 量子化学计算中的PP与平面波计算中的PP并无本质差别,只不过表示为简明的解析式形式。 包括BDF在内的大部分量子化学软件都支持PP,而支持MCP的量子化学软件较少,因此在不引起歧义的情况下,ECP与PP两个名称可以混用。
赝势基组需要结合赝势使用,基函数只描述原子的价层电子。当体系涉及到比较重的原子时,可以对它们用赝势基组, 而其它原子照常用普通的非相对论全电子基组。 在重元素较多的情况下,这样一方面可以大大节约计算时间,同时还能等效体现出标量相对论效应。Lan系列、Stuttgart系列、cc-pVnZ-PP系列都属于这类基组。 为了方便调用,一些较轻元素的赝势基组实际上是非相对论全电子基组,如第五周期之前元素的Def2系列基组。
根据赝势是否包含旋轨耦合项,赝势基组分为标量赝势基组与旋轨耦合赝势(SOECP)基组两类。
基组类型 |
基组名称 |
支持的元素 |
备注 |
|---|---|---|---|
关联一致 |
aug-cc-pVDZ-PP
aug-cc-pVTZ-PP
aug-cc-pVQZ-PP
aug-cc-pV5Z-PP
aug-cc-pwCVDZ-PP
aug-cc-pwCVTZ-PP
aug-cc-pwCVQZ-PP
aug-cc-pwCV5Z-PP
cc-pV5Z-PP
cc-pwCV5Z-PP
|
19, 20, 29- 56, 72- 88 |
SOECP |
cc-pVDZ-PP
cc-pVTZ-PP
cc-pVQZ-PP
cc-pwCVDZ-PP
cc-pwCVTZ-PP
cc-pwCVQZ-PP
|
19, 20, 29- 56, 72- 88, 90- 92 |
SOECP |
|
aug-cc-pCVDZ-ccECP
aug-cc-pCVTZ-ccECP
aug-cc-pCVQZ-ccECP
aug-cc-pCV5Z-ccECP
cc-pCVDZ-ccECP
cc-pCVTZ-ccECP
cc-pCVQZ-ccECP
cc-pCV5Z-ccECP
|
D/T/Q: 19- 30, 37- 42, 44- 51,
55- 58, 63- 65, 73- 75, 77- 79, 82
5: 19- 30, 37- 42, 44- 51,
55, 56, 73- 75, 77- 79, 82
|
SOECP (Z > 36)
部分主族用大芯
|
|
aug-cc-pVDZ-ccECP
aug-cc-pVTZ-ccECP
aug-cc-pVQZ-ccECP
aug-cc-pV5Z-ccECP
aug-cc-pV6Z-ccECP
|
D/T/Q: 3- 9, 11- 17, 19- 42, 44- 53,
55-58, 63-65, 73-75, 77-79, 82, 83
5: 3- 9, 11- 17, 19- 42, 44- 53,
55, 56, 73-75, 77-79, 82, 83
6: 4- 9, 12- 17, 19- 20, 31- 38,
50- 53, 83
|
SOECP (Z > 36)
部分主族用大芯
|
|
cc-pVDZ-ccECP
cc-pVTZ-ccECP
cc-pVQZ-ccECP
cc-pV5Z-ccECP
cc-pV6Z-ccECP
|
D/T/Q: 3- 42, 44- 53, 55- 58, 63-65,
73- 75, 77- 79, 82, 83
5: 3- 42, 44- 53, 55, 56, 73- 75,
77- 79, 82, 83
6: 4- 10, 12- 20, 31- 38, 50- 53, 83
|
SOECP (Z > 36)
部分主族用大芯
|
|
Pitzer-AVDZ-PP
|
3- 10 |
SOECP |
|
Pitzer-VDZ-PP
Pitzer-VTZ-PP
|
3- 18 |
SOECP |
|
Clarkson |
CRENBL
|
1-2 (全电子), 3-118 |
SOECP,小芯 |
CRENBS
|
21- 36, 39- 54, 57, 72- 86,
104-118
|
SOECP,大芯 |
|
Ahlrichs |
Def2-SVP-old
Def2-SV(P)-old
Def2-SVPD-old
Def2-TZVP-old
Def2-TZVPD-old
Def2-TZVP-F-old
Def2-TZVPP-F-old
Def2-TZVPP-old
Def2-TZVPPD-old
Def2-QZVP-old
Def2-QZVPD-old
Def2-QZVPP-old
Def2-QZVPPD-old
Def2-SV(P)-G16
Def2-SVP-G16
Def2-TZVP-G16
Def2-TZVPP-G16
Def2-QZVP-G16
Def2-QZVPP-G16
Def2-SVPD
Def2-TZVPD
Def2-TZVPPD
Def2-QZVPD
Def2-QZVPPD
ma-Def2-SV(P)
ma-Def2-SVP
ma-Def2-TZVP
ma-Def2-TZVPP
ma-Def2-QZVP
ma-Def2-QZVPP
|
1- 36 (全电子), 37- 57, 72- 86 |
-old是旧版
-G16采用完整赝势
|
Def2-SV(P)
Def2-SVP
Def2-TZVP
Def2-TZVPP
Def2-TZVP-f
Def2-TZVPP-f
Def2-QZVP
Def2-QZVPP
|
1- 36 (全电子), 37- 86 |
||
DHF-SV(P)
DHF-SVP
DHF-TZVP
DHF-TZVPP
DHF-QZVP
DHF-QZVPP
|
37- 56, 72- 86 |
SOECP |
|
LAN |
LANL2DZ
|
1, 3-10 (全电子)
11-57, 72-83, 92-94
|
|
LANL2DZDP
|
1, 6-9 (全电子)
14-17, 32-35, 50-53, 82-83
|
||
LANL2TZ
|
21- 30, 39- 48, 57, 72- 80 |
||
LANL08
|
11- 57, 72- 83 |
||
LANL08(D)
|
14- 17, 32- 35, 50- 53, 82- 83 |
||
LANL2TZ+
LANL08+
|
21- 30 |
||
Modified-LANL2DZ
LANL2TZ(F)
LANL08(F)
|
21- 29, 39- 47, 57, 72- 79 |
||
SBKJC |
SBKJC-VDZ
|
1-2 (全电子), 3- 58, 72- 86 |
|
SBKJC-POLAR
|
1-2 (全电子)
3- 20, 32- 38, 50- 56, 82- 86
|
||
pSBKJC
|
6- 9, 14- 17, 32- 35, 50- 53 |
||
Stuttgart |
Stuttgart-RLC
|
3- 20, 30- 38, 49- 56, 80- 86
89-103
|
大芯 |
Stuttgart-RSC-1997
|
19-30, 37-48, 55-56, 58-70
72-80, 89-103, 105
|
小芯 |
|
Stuttgart-RSC-ANO
Stuttgart-RSC-SEG
|
57- 71, 89-103 |
SOECP,小芯 |
|
Stuttgart-ECP92MDFQ-DZVP
Stuttgart-ECP92MDFQ-TZVP
Stuttgart-ECP92MDFQ-QZVP
|
111-120 |
SOECP,小芯 |
|
Stuttgart-ECPMDFSO-QZVP
|
19- 20, 37- 38, 55- 56, 87- 92 |
SOECP,小芯 |
|
SDB-cc-pVTZ
SDB-cc-pVQZ
|
31- 36, 49- 54 |
大芯 |
|
SDB-aug-cc-pVTZ
SDB-aug-cc-pVQZ
|
31- 35, 49- 53 |
大芯 |
备注
关于Def2系列基组
Def2系列基组是采用Turbomole程序开发的,“Def2”表示该程序的“第二套默认基组”。
原始的Def2系列基组(后缀 -old)存在一些缺陷,在Turbomole 7.3之后版本的Def2基组中作了修正,包括: Ba增加了f极化函数(个别QZ基组还增加了g函数);对Def2-QZVPD和Def2-QZVPPD重新优化了I的f、g函数;Def2-QZVPPD补充了Mn缺失的f函数; 部分Def2基组支持镧系原子。
Def2基组对Kr之后的原子采用Stuttgart/Cologne赝势。由于当时的Turbomole程序不支持高角动量赝势,故对赝势做了截断,并沿用至今。 这会导致0.1 — 1 mHartree量级的能量差。而在Gaussian 16程序中,使用了标准的Stuttgart/Cologne赝势(用后缀 -G16 加以区分)。
通常情况下用Def2-...或Def2-...-G16均可,旋轨耦合计算可以用SOECP版本的DHF-...基组。 在涉及Kr之后原子的情况下,如果想重复Gaussian 16程序Def2系列基组的计算结果,必须用Def2-...-G16基组。 不建议使用原始的Def2-...-old基组,除非为了重复涉及Mn、I、Ba原子的早期计算结果。
除了以上的赝势基组,对于镧系、锕系原子还有一种把f电子放入赝势的“f-in-core”(FIC)基组。 目前BDF的基组库包含以下FIC标量赝势基组,适用于镧系、锕系原子常见氧化态的成键情况。 在拟合赝势参数的参考数据集中,已经对多个低能级在Wood-Boring近似下考虑了标量相对论效应(MWB)。
基组名称 |
支持的元素 |
芯电子 |
|---|---|---|
MWB-FIC
MWB-FIC-I
MWB-FIC-II
|
57- 71
|
[Kr](4d)10(4f)n
|
MWB-FIC-AVDZ
MWB-FIC-AVTZ
MWB-FIC-AVQZ
|
89-103
|
[Xe](4f)14(5d)10(5f)n
|
MWB-FICp1
|
57- 70
|
[Kr](4d)10(4f)n+1
|
MWB-FICp1-AVDZ
MWB-FICp1-AVTZ
MWB-FICp1-AVQZ
|
94-102
|
[Xe](4f)14(5d)10(5f)n+1
|
MWB-FICm1-AVDZ
MWB-FICm1-AVTZ
MWB-FICm1-AVQZ
|
58- 60, 65, 66,
90- 98
|
[Kr](4d)10(4f)n-1,
[Xe](4f)14(5d)10(5f)n-1
|
MWB-FICm2-AVDZ
MWB-FICm2-AVTZ
MWB-FICm2-AVQZ
|
91- 95
|
[Xe](4f)14(5d)10(5f)n-2
|
MWB-FICm3-AVDZ
MWB-FICm3-AVTZ
MWB-FICm3-AVQZ
|
92
|
[Xe](4f)14(5d)10(5f)n-3
|
标准基组的别名和缩写
基组库中的基组除了使用以上的标准名称之外,部分基组也可以使用其别名及缩写。基本规则如下:
6-系列的Pople基组中,代表极化函数的后缀 P、PP 可以用星号表示。例如,6-311++G** 等同于 6-311++GPP。
def2-系列基组的连字符 “ - ” 可以省略。例如,def2-SVP 可以写为 def2SVP。
在关联一致基组中,“cc-pV”、“cc-pCV”、"cc-pwCV"可以分别简写为 V、CV、WCV, 表示弥散函数的前缀 “aug-” 可缩写为 A(不区分大小写)。 例如,vdz 表示 cc-pVDZ,awcvtz-dk 表示 aug-cc-pwCVTZ-DK, 等等。需要注意的是,这种基组名的缩写仅限用于BDF的输入, 不要用在正式的论文和报告中,以免造成读者困惑。
自定义基组文件
BDF可以使用非内置基组,有两种方法。一种方法是在 COMPASS 输入文件的 basis-block ... end basis 区域中,
把基组数据写在 inline ... end line 数据区(见下一小节)。
另一种方法是把基组数据保存在文本格式的基组文件中,放在计算目录下,文件名就是BDF中要引用的基组名。
警告
自定义基组文件的文件名必须 全部大写 !但在输入文件中引用时,大小写任意。
例如,在计算目录下创建一个文本文件MYBAS-1(注意:如果在Windows操作系统下创建文本文件,系统可能会隐去扩展名 .txt ,因此实际名称是MYBAS-1.txt),内容为:
# This is my basis set No. 1. # 任意的空行,以及 # 打头的注释行
# Supported elements: He and Al
**** # 4个星号打头的行,接下来是一个元素的基组
He 2 1 # 元素符号,核电荷数,基函数的最高角动量:1=p,2=d...
S 4 2 # S型GTO基函数,4个原函数收缩成2个
3.836000E+01 # 4个S型高斯原函数的指数
5.770000E+00
1.240000E+00
2.976000E-01
2.380900E-02 0.000000E+00 # 两列收缩因子,对应两个收缩的S型GTO基函数
1.548910E-01 0.000000E+00
4.699870E-01 0.000000E+00
5.130270E-01 1.000000E+00
P 2 2 # P型GTO基函数,2个原函数收缩成2个
1.275000E+00
4.000000E-01
1.0000000E+00 0.000000E+00
0.0000000E+00 1.000000E+00
**** # 4个星号结束He的基组,后面可接另一个元素的基组,或者结束
Al 13 2
(略)
在以上的基组中,P函数未作收缩,也可以写成以下形式:
(S函数,略)
P 2 0 # 0表示非收缩,此时不需要提供收缩因子
1.275000E+00
4.000000E-01
****
(略)
对于赝势基组,还需要在价基函数后提供ECP数据。例如,
**** # 价基函数部分,注释同上
Al 13 2
S 4 3
14.68000000
0.86780000
0.19280000
0.06716000
-0.0022368000 0.0000000000 0.0000000000
-0.2615913000 0.0000000000 0.0000000000
0.6106597000 0.0000000000 1.0000000000
0.5651997000 1.0000000000 0.0000000000
P 4 2
6.00100000
1.99200000
0.19480000
0.05655000
-0.0034030000 0.0000000000
-0.0192089000 0.0000000000
0.4925534000 -0.2130858000
0.6144261000 1.0000000000
D 1 1
0.19330000
1.0000000000
ECP # 价基函数之后立即接关键词ECP,表示后面是ECP数据部分
Al 10 2 2 # 相同的元素符号,芯电子数,ECP最高角动量,可选的SOECP最高角动量
D potential 4 # ECP最高角动量(D函数)的势函数个数
2 1.22110000000000 -0.53798100000000 # R的幂,指数,因子(下同)
2 3.36810000000000 -5.45975600000000
2 9.75000000000000 -16.65534300000000
1 29.26930000000000 -6.47521500000000
S potential 5 # S投影的个数
2 1.56310000000000 -56.20521300000000
2 1.77120000000000 149.68995500000000
2 2.06230000000000 -91.45439399999999
1 3.35830000000000 3.72894900000000
0 2.13000000000000 3.03799400000000
P potential 5 # P投影的个数
2 1.82310000000000 93.67560600000000
2 2.12490000000000 -189.88896800000001
2 2.57050000000000 110.24810400000000
1 1.75750000000000 4.19959600000000
0 6.76930000000000 5.00335600000000
P so-potential 5 # P-SO投影的个数,标量ECP没有这一部分
2 1.82310000000000 1.51243200000000 # 标量ECP没有这一部分
2 2.12490000000000 -2.94701800000000 # 标量ECP没有这一部分
2 2.57050000000000 1.64525200000000 # 标量ECP没有这一部分
1 1.75750000000000 -0.08862800000000 # 标量ECP没有这一部分
0 6.76930000000000 0.00681600000000 # 标量ECP没有这一部分
D so-potential 4 # D-SO投影的个数,标量ECP没有这一部分
2 1.22110000000000 -0.00138900000000 # 标量ECP没有这一部分
2 3.36810000000000 0.00213300000000 # 标量ECP没有这一部分
2 9.75000000000000 0.00397700000000 # 标量ECP没有这一部分
1 29.26930000000000 0.03253000000000 # 标量ECP没有这一部分
****
对于标量ECP,SOECP最高角动量为0(可以省略不写),不需要提供SO投影部分的数据。
把以上数据保存后,就可以在BDF输入文件中调用 MYBAS-1 基组,这需要通过以下的混合输入模式实现:
#!bdfbasis.sh
HF/genbas
Geometry
.....
End geometry
$Compass
Basis
mybas-1 # 给出当前目录下基组文件的名字,这里不区分大小写
$End
自定义基组必须用BDF的混合模式输入。在第二行输入基组设置为 genbas , 自定义基组文件名需要在 COMPASS 模块使用关键词 Basis ,
值为 mybas-1 ,表示调用名为 MYBAS-1 的基组文件。
基组的指定
对所有原子使用相同的BDF内置基组
简洁输入模式,基组在 方法/泛函/基组 或者 方法/基组 中指定。这里 基组 是前几节所列的BDF内置的基组名称,输入字符大小写不敏感,如下所示:
#! basisexample.sh
TDDFT/PBE0/3-21g
Geometry
H 0.000 0.000 0.000
Cl 0.000 0.000 1.400
End geometry
#! basisexample.sh
HF/lanl2dz
Geometry
H 0.000 0.000 0.000
Cl 0.000 0.000 1.400
End geometry
如果是高级输入模式,计算采用的基组在 COMPASS 模块中利用关键词 basis 指定,例如
$compass
Basis
lanl2dz
Geometry
H 0.000 0.000 0.000
Cl 0.000 0.000 1.400
End geometry
$end
其中 lanl2dz 调用内置的LanL2DZ基组(已在 basisname 文件中注册),不区分大小写。
为不同元素指定不同基组
简洁输入不支持自定义或者混合基组,必须采用混合输入模式,即在 方法/泛函/基组 中设置 基组 为 genbas , 并添加 COMPASS 模块输入,
使用 basis-block ... end basis 关键词指定基组。
如果对不同元素指定不同名称的基组,需要放在 COMPASS 模块的 basis-block ... end basis 块中,
其中第一行是默认基组,之后的行对不同元素指定其它基组,格式为 元素=基组名 或者 元素1,元素2, ...,元素n=基组名 。
例如,混合输入模式下,对不同原子使用不同基组的示例如下:
#! multibasis.sh
HF/genbas
Geometry
H 0.000 0.000 0.000
Cl 0.000 0.000 1.400
End geometry
$compass
Basis-block
lanl2dz
H = 3-21g
End Basis
$end
上例中,H使用3-21G基组,而未额外定义的Cl采用默认的LanL2DZ基组。
如果是高级输入,如下:
$compass
Basis-block
lanl2dz
H = 3-21g
End Basis
Geometry
H 0.000 0.000 0.000
Cl 0.000 0.000 1.400
End geometry
$end
注意
ANO-RCC系列基组(包括ANO-RCC-VDZ、ANO-RCC-VDZP等)由于读写机制不同,不能在 basis-block 输入块中直接指定基组名,
否则程序会一律改用级别最高的ANO-RCC。可以把具有正确收缩的ANO-RCC基组数据写在 自定义基组文件 中,
或者写在 inline 数据区(见下)。
在输入文件中提供基组数据
如果使用自定义的非标准基组,除了编辑基组文件以外(见上一小节),还可以把每种元素或原子类型的基组数据(也就是基组文件中两行“****”之间的部分)
写在 inline ... end line 之间的数据区。例如:
$compass
Basis-block
sto-3g
inline
# Pitzer-cc-pVDZ-PP for F
F 9 2
S 4 3
52.19000000
9.33900000
1.18100000
0.36250000
-0.0097379000 0.0000000000 0.0000000000
-0.1335636000 0.0000000000 0.0000000000
0.6014362000 0.0000000000 1.0000000000
0.5072134000 1.0000000000 0.0000000000
P 4 2
22.73000000
4.98500000
1.34700000
0.34710000
0.0448419000 0.0000000000
0.2356122000 0.0000000000
0.5089430000 0.0000000000
0.4578928000 1.0000000000
D 1 1
1.69100000
1.0000000000
ECP
F 2 1 1
P potential 3
2 44.51660000000000 -6.72302400000000
2 12.94870000000000 -0.92964900000000
1 132.49670000000000 -1.52673400000000
S potential 4
2 2.88350000000000 12.68530600000000
2 3.10770000000000 -19.30258900000000
1 5.61220000000000 1.00217900000000
0 2.81460000000000 2.24534900000000
P so-potential 3
2 44.51660000000000 -0.01349600000000
2 12.94870000000000 0.02610200000000
1 132.49670000000000 0.10999800000000
end line
inline
# 3-21G for Li
Li 3 1
S 6 3
0.3683820000E+02
0.5481720000E+01
0.1113270000E+01
0.5402050000E+00
0.1022550000E+00
0.2856450000E-01
0.6966866381E-01 0.00000000 0.00000000
0.3813463493E+00 0.00000000 0.00000000
0.6817026244E+00 0.00000000 0.00000000
0.00000000 -0.2631264058E+00 0.00000000
0.00000000 0.1143387418E+01 0.00000000
0.00000000 0.00000000 0.1000000000E+01
P 3 2
0.5402050000E+00
0.1022550000E+00
0.2856450000E-01
0.1615459708E+00 0.00000000
0.9156628347E+00 0.00000000
0.00000000 0.1000000000E+01
end line
End Basis
Geometry
Li 0.000 0.000 0.000
F 0.000 0.000 1.400
End geometry
$end
在上面 LiF 分子体系的定义中,Li 和 F 分别使用全电子的 3-21G 基组和 Pitzer-cc-pVDZ-PP 赝势基组,
但是并未从标准的基组库读入,而是在输入文件中直接提供基组数据。
上例中还定义了默认基组 STO-3G,这只是为了满足 basis-block ... end basis 的格式要求,在实际计算中并未用到。
为同种元素的不同原子指定不同基组
BDF也可以为同一元素中的不同原子指定不同名称的基组,这些原子需要在元素符号后加上任意的数字以示区分。例如,
#! CH4.sh
RKS/B3lyp/genbas
Geometry
C 0.000 -0.000 0.000
H1 -0.000 -1.009 -0.357
H2 -0.874 0.504 -0.457
H1 0.874 0.504 -0.357
H2 0.000 0.000 1.200
End geometry
$compass
Basis-block
6-31g
H1= cc-pvdz
H2= 3-21g
End basis
$end
上例中,H1类型的两个氢原子用cc-pVDZ基组,H2类型的两个氢原子用3-21G基组,碳原子用6-31G基组。
注意
如果在坐标中定义了H1、H2类型的氢原子,那么必须为它们明确指定基组,因为默认的基组中没有名称为H1、H2的氢原子。
对称等价原子必须使用相同基组,程序将对此进行检查;如果对称等价原子必须要使用不同基组,可通过
Group设置较低的点群对称性,或者用Nosymm关闭对称性。
辅助基组
使用密度拟合近似(RI)的方法需要一个辅助的基组。Ahlrichs系列基组和Dunning相关一致性基组以及其它个别基组有专门优化的辅助基组。
BDF中可以在 COMPASS 中通过 RI-J、 RI-K 和 RI-C 关键词指定辅助基组。其中 RI-J 用于指定库伦拟合基组, RI-K 用于指定库伦交换拟合基组, RI-C 用于指定库伦相关拟合基组。BDF支持的辅助基组保存在 $BDFHOME/basis_library 路径下对应的文件夹中。
高级别密度拟合基组可以用在低级别基组上,例如 cc-pVTZ/C 可以用于在 cc-pVTZ 上做RI-J,对于没有标配辅助基组的pople系列基组如 6-31G** 也可以用 cc-pVTZ/J 做RI-J或RIJCOSX。反之,高级别轨道基组结合低级别的辅助基组则会带来较明显的误差。
$Compass
Basis
DEF2-SVP
RI-J
DEF2-SVP
Geometry
C 1.08411 -0.01146 0.05286
H 2.17631 -0.01146 0.05286
H 0.72005 -0.93609 0.50609
H 0.72004 0.05834 -0.97451
H 0.72004 0.84336 0.62699
End Geometry
$End
上例中,使用 def2-SVP 基组计算 \(\ce{CH4}\) 甲烷分子,同时用def2-SVP标配的库伦拟合基组进行加速计算。
提示
BDF的RI计算功能,用于加速 MCSCF、 MP2 等波函数计算方法,不推荐用户在 SCF 、 TDDFT 等计算中使用,用户可以用多级展开库伦势 (MPEC) 方法,MPEC方法不依赖辅助基组,计算速度和精度都与RI方法相当。